- يحتوي المخطوط بعد المقدمة على عدة أبواب غير منفصلة عن بعضها ، تبدأ بعنوان ( باب في . . . ) . وهذه العناوين ساقطة في النسخة ( س ) وفي النسخة ( ر ) . وقد استعيض عنها في نسخة ( ر ) بعبارة على الهامش مثلا : ( المطلب الأول في الصداع . . . إلى المطلب الثامن في السرسام ، وبعدها غير موجودة ) . - حافظت على تنسيق المخطوط كما هو ، مع فصل الأبواب في بداية كل صفحة . - كما وضعت الفواصل والنقط في مواضعها ، وأبدلت بعض علامات الترقيم المتبعة في نسخة ( ل ) بعلامات الترقيم الحديثة كما يناسب الموضع . - وحين انتهاء كل ورقة من ورقات كل مخطوط وبداية الورقة التي تليها ، أشرت إلى ذلك بوضع علامة / ، ووضعت رقم الورقة التالية على الهامش مثلا : ( 11 / و / س ) . فهذه تعني بداية وجه الورقة ( 11 ) من مخطوط ( س ) . ( 8 / ظ / ل ) فهذه تعني بداية ظهر الورقة ( 8 ) من مخطوط ( ل ) . - واعتمدت بدء الترقيم من بداية المخطوط وليس الرقم الذي تحمله النسخ التي هي ضمن مجموع . - وفي نهاية الكتاب أنشأت فهرسا شاملا ، يضم المفردات التي تم شرحها ضمن المخطوط ، مرتبة حسب حروف المعجم . - ثم أتبعته بفهرس للأماكن والبلدان والأعلام والكتب التي ذكرت في المخطوط ، وفهرسا للأدوات ، وآخر للأوزان والمكاييل .